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Quels indicateurs suivre pour savoir si une deuxième vague épidémique arrive?

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Plusieurs spécialistes alertent sur l’augmentation du taux de reproduction du coronavirus alors que l’épidémie s’estompe dans l’esprit de la population suisse. Cette impression s’accompagne d’une baisse de vigilance. Pourtant, le virus est toujours en circulation et une flambée épidémique n’est pas exclue. Comment la détecter? Selon quels indicateurs? Eléments de réponses.

Pourquoi c’est essentiel. Le Conseil fédéral et l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) ont développé une stratégie pour monitorer l’évolution de l’épidémie en Suisse. La responsabilité de ce contrôle incombe désormais aux cantons. Quels outils ont-ils à leur disposition pour évaluer la situation sur leur territoire? En plus des nouvelles infections quotidiennes, des hospitalisations (y compris la prise en charge dans les unités de soins intensifs), des décès et des tests de dépistage, ils peuvent s’appuyer sur le taux effectif de reproduction (Re) du virus dans la population. Un élément clé. Voici pourquoi.

De quoi on parle. Le Re est un indicateur permettant de mesurer le nombre moyen d'infections causées par un individu infecté. Il comporte un seuil critique permettant de définir si l’épidémie est sous contrôle ou si elle est en croissance. Yann Hulmann, porte-parole de l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), précise:

«En fait, le Re n’a pas de seuil en soi. La valeur est définie mathématiquement. Pour 1, l’augmentation est constante, le nombre de nouveaux cas quotidiens est le même. En dessous de 1, le nombre de nouveau cas est en baisse: le nombre de cas pour un jour défini est inférieur au jour précédent. En dessus de 1, le nombre de nouveau cas pour le jour défini est supérieur au jour précédent. Si le Re est supérieur à 1 pendant plusieurs jours, l’augmentation des cas dans cette fenêtre de temps est exponentielle.

Cela dit, l’évaluation du moment où l’épidémie est sous contrôle ne dépend pas seulement du Re. Mais un Re supérieur à 1 qui se maintient sur une longue période, plus d’une semaine, n’est pas bon signe et signifie que l’épidémie n’est plus sous contrôle.»

Depuis, le 26 mai, le taux de reproduction effectif du virus a franchi ce seuil de 1 (voir la carte interactive ci-dessus) pour les cas confirmés. Cela n’inquiètait pas vraiment les spécialistes jusqu’au 20 juin parce que le nombre quotidien de nouveaux porteurs du virus est très faible et que les cantons réussissent à rompre les chaînes de transmission du virus grâce aux politiques de traçage des contacts (isolement pour les personnes infectées et quarantaine pour les contact proches). Mais depuis le 22 juin, le nombre de nouveaux cas quotidiens augmentent chaque jour, des petits foyers épidémitques se sont créée en Valais, à Zurich et dans le canton de Vaud notamment. De quoi alerter les experts scientifiques et les autorités fédérales.

Ce dimanche 28 juin, le taux de reproduction réel date d’une dizaine de jours, soit du 18 juin. La méthodologie de calcul pour obtenir ce Re a fait l’objet d’une publication dans le Swiss Medical Weekly le 4 mai. Une équipe de chercheurs bâlois a établi le «Nombre de cas de reproduction de l'épidémie de COVID-19 en Suisse» de cette manière:

«Pour simuler ce temps d'infection, nous avons d'abord supposé une période d'incubation, de 5,3 jours en moyenne. Après la période d'incubation, les symptômes apparaissent. Nous avons à nouveau estimé le temps entre l'apparition des symptômes et la confirmation d'un cas, l'hospitalisation ou le décès. Le temps moyen entre l'apparition des symptômes et la confirmation du cas a été estimé à 5,6 jours. Le délai moyen entre l'apparition des symptômes et l'hospitalisation a été estimé à 6,6 jours, à partir desquels il faut ajouter 15 jours en moyenne pour un décès.»

La task force scientifique fédérale Covid-19 publie régulièrement la médiane de ces estimations, ainsi que les intervalles d'incertitude à 95%.

Qui surveille le Re? C’est la task force scientifique fédérale Covid-19 qui met à jour régulièrement (plusieurs fois par jour) le Re en Suisse. Trois éléments sont pris en compte:

  1. Pour les cas confirmés.

  2. Pour les patients hospitalisés.

  3. Pour les décès.

Selon Martin Fischer, responsable communication du Secrétariat d’Etat à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI), ces trois informations sont utiles pour:

«estimer la même quantité, à savoir le nombre de reproducteurs du virus à travers le temps. Nous utilisons trois ensembles de données différents pour vérifier si leur tendance sont identiques. Si elles diffèrent, des biais sont possibles dans certaines des données.»

Ce qui est le cas en ce moment avec des courbes hétérogènes. La task force scientifique fédérale Covid-19 explique cela:

«en raison de la faible incidence journalière actuelle. Les intervalles d'incertitude ont fortement grandi et n'excluent plus la valeur critique de 1.»

En clair, cela signifie qu’il y a trop peu de cas dans le pays. Cela ne permet pas de se baser uniquement sur ce seuil pour savoir si l’épidémie s’envole. Mais le Re pour les cas confirmés sont depuis trop longtemps au-dessus du seuil de 1 pour laisser les experts de marbre. Il est nécessaire de voir ce taux redescendre rapidement pour réussir à contrôler l’épidémie et éviter une deuxième vague. Le contexte régional et les différences locales permettent néanmoins de voir que la situation est encore sous contrôle.

Les Re cantonaux sont disponibles sur la plateforme openZH. Un outil utile pour les autorités cantonales qui peuvent également voir le taux de reproduction effectif au niveau régional. En cas de foyers épidémiques, il sera alors possible de coordonner la réponse entre plusieurs cantons. Les régions ainsi réunies sont au nombre de 7:

  1. Suisse centrale,

  2. Est de la Suisse,

  3. Espace Mittelland,

  4. Région lémanique,

  5. Nord-Est du pays,

  6. Tessin,

  7. Zurich.

Le 18 juin (derniers chiffres disponibles), le Re des cantons romands est le suivant:

Fribourg: 1.48

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Genève: 2.12

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Neuchâtel: 0.671

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Vaud: 1.28

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Valais: 1.35

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Les autres indicateurs. La stratégie de préparation et de gestion en cas de reprise de l’épidémie de Covid-19 en Suisse a été présentée le 19 juin à Berne. L’expérience acquise durant la première vague a permis d’améliorer l’approche du pays pour garantir une meilleure gestion et aussi une meilleure prévention. En plus, du taux effectif de reproduction, les cantons disposent des indicateurs suivants pour monitorer l’épidémie:

  • nombre de nouveaux cas confirmés quotidiens,

  • nombre de nouvelles hospitalisations,

  • nombre de nouveaux décès,

  • capacités hospitalières,

  • capacités cantonales pour le traçage des contact,

  • contrôle de la bonne application des mesures et indicateurs mis en place.

Cet ensemble d’indicateurs sont publiés quotidiennement par l’OFSP. Ce dernier refuse néanmoins de fixer des valeurs-seuils associées à ces mesures. Prises individuellement, elles ne permettent pas de se faire une idée précise de la situation épidémiologique. C’est la prise en compte de l’ensemble de ces indicateurs et de la situation sur le terrain (foyer localisé ou épidémie régionale voire intercantonale) qui permettra d’agir.

Ce qu’il faut retenir. La situation épidémique en Suisse est assez calme: le nombre de cas quotidiens est en augmentation depuis une semaine, mais ce n’est pas le cas des décès, ni des hospitalisations. De plus, ce sont essentiellement les actifs qui sont nouvellement infectés. Les aînés et les personnes à risque continuant à se protéger de manière plus disciplinée…

Des deuxièmes vagues localisés ne sont pas exclues, mais les autorités cantonales ont toutes le même objectif: limiter le plus possible l’évolution de l’épidémie grâce à la stratégie de tests dès les premiers symptôme (gratuits depuis le 25 juin), isolement pour les personnes infectées et quarantaine pour les contacts. Cette approche est censée permettre d’éviter un nouveau confinement, préjudiciable pour l’ensemble de la société.

Pour y arriver, il faut néanmoins que la société dans son ensemble ne renonce pas aux recommandations mises en place: distance spatiale, hygiène des mains et port du masque quand c’est nécessaire.

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